2022年4月报道，新批次神舟十六号飞船进行了部分技术改进，研制交付工作正在稳步推进。6月，据中国载人航天工程办公室消息，神舟团队按计划执行返回、两船次交会对接、三船次应急救援待命任务，涉及神舟十三号至神舟十六号共四艘神舟飞船。10月6日，据央视军事消息，从酒泉卫星发射中心了解到：神舟十六号工作基本准备完毕，具备迎接飞船和火箭进场条件。12月，据央视军事消息，神舟十六号飞船已经在发射场完成了总装测试工作，进入应急救援待命状态。
2023年2月15日消息，中国载人航天工程办公室正式启动年度载人飞行任务标识征集活动，面向社会公开征集2023年两次载人飞行任务、一次货运飞船飞行任务任务标识 。2月16日报道，计划5月发射神舟十六号载人飞船。3月21日，神舟十六号载人飞行任务标识发布 。4月，国家知识产权局发布关于核准“神舟十六号载人飞行任务”等3件特殊标志登记的公告。
北京时间2023年5月10日21时22分，搭载天舟六号货运飞船的长征七号遥七运载火箭，发射取得圆满成功。据悉，天舟六号货运飞船装载了神舟十六号和神舟十七号6名航天员在轨驻留消耗品、推进剂、应用实(试)验装置等物资。5月22日，神舟十六号载人飞船与长征二号F遥十六运载火箭组合体已转运至发射区。发射场设施设备状态良好，后续将开展发射前的各项功能检查、联合测试等工作，计划择机实施发射 。5月26日，神舟十六号载人飞行任务展开发射场系统合练。本次全系统发射演练内容与正式发射程序基本相同，飞船进行系统功能检查，神舟十六号航天员进入飞船返回舱，开始人、船、箭、地联合检查测试 。5月28日，神舟十六号载人飞船发射任务组织全区合练。发射任务各系统已经完成了相关功能检查，并做好发射前的各项准备工作。
5月30日9时31分，神舟十六号将发射升天。三位航天员的亮相，也让我们感受到中国载人航天事业的新变化，新特点。譬如，那位戴眼镜的北航教授桂海潮，以载荷专家的身份飞上太空，而且他也是首位非军人航天员。桂教授经受了8大类、200余项科目的严格训练和考核，为上天做好了万全准备。桂海潮教授的飞天，显示出神舟十六号乘组的搭配架构更全面，包括了三个类型工种，也意味着我们在轨试验项目会更丰富、更立体和更全面。