学校设有教育培训、教学科研、党政服务等3类二级机构。其中，教育培训部门包括轮训部、培训中心、教务部，教学科研部门包括马克思主义学院、党的青年运动史教研部（中共党史与青运史系）、青少年思想政治教育教研部（青少年工作系）、党的群众工作教研部（社会工作系）、共青团中央青运史档案馆、研究生部、科研与智库工作部，党政服务部门包括党委办公室（校长办公室）、党委组织部（人事处）、党群工作部（纪委办公室）、总务部、财务处。
学校是党培养团干部和年轻干部的阵地，以团的领导干部为主要对象，以政治培训为主要内容，培养忠于党、忠于人民、热爱青年、扎实苦干的青年干部骨干，努力为新时代党的青年群众工作和共青团建设提供人才智力支持。经过5年多的改革建设，学校已具备按照政治培训要求开展正规化、常态化、大规模团干部教育培训的能力，富有特色的团干部教育培训全面展开，培训规模稳步扩大，2018年至2021年累计培训学员16498人次，折合40、03万人天。