一级主任科员和二级主任科员的区别：1、层次上有区别；2、在重要性上有区别；3、在工资上有区别。
虽然一级主任科员和二级主任科员都是正科，但因为主任科员是套二级主任科员，任职满两年后才能晋升一级主任科员，因此在层次上一级主任科员要高于二级主任科员。更明确的解释，可以这样理解：二级主任科员是小正科，一级主任科员是大正科；二级主任科员相当于原来的正科非领导职务，一级主任科员相当于原来的正科领导职务。
二级主任科员和一级主任科员在级别上相差不大，但由于晋升四级调研员必须要有一级主任科员的任职经历，换而言之，你想享受副处的待遇，必须先从二级主任科员晋升一级主任科员，相当于一级主任科员是晋升四调的一个关卡，因此在重要性上远远高于二级主任科员。
既然区分了二级和一级，工资肯定有区别。目前，各地正在进行职级套改，职级套改后就是工资套改。虽然现在还没有具体的职级工资标准，但可以预见的是一级主任科员肯定会比二级主任科员工资稍高一点，不过幅度应该不会特大。