在农业生产中，长期持续应用同一种农药，害虫往往会产生抗药性，导致农药使用效果下降甚至失去作用，产生该农药难以防治的害虫。实际上，可以利用更换农药、作物品种、改变栽培制度等方法有效控制这种害虫，不会产生所谓的“超级害虫”。
转基因抗虫作物跟农药类似，理论上害虫也会产生抗性。为防止这种现象发生，生产当中已经采用了多种针对性措施：一是庇护所策略，即在Bt作物周围种植一定量的非Bt作物作为敏感昆虫的庇护所，通过它们与抗性昆虫交配而延缓害虫抗性的发展；二是双基因/多基因策略，研发并推动具有不同作用机制的转双价或多价基因的抗虫植物；三是严禁低剂量表达的转Bt植物进入市场；四是加强害虫对转Bt植物抗性演变的监测。