转基因作物环境安全性评价原则主要有：
（1）科学原则，就是以科学的态度和方法，利用国际通行的科学技术手段研究、分析和评价转基因作物对生态环境可能造成的潜在风险，确定其安全等级和安全监控措施；
（2）比较分析原则，即通过比较转基因作物与非转基因对照（一般用其亲本）对生态环境影响的异同，确定转基因作物的安全性；
（3）个案分析原则，就是针对不同的转基因活动，根据外源基因特性、受体植物、转基因操作方式及释放环境等因素，对具体的转基因作物进行环境安全性评价。
其它还包括预防原则、熟悉原则、分阶段评价原则等。