南京江宁区的大学有：南京航天航空大学、中国药科大学、河海大学、金陵协和神学院、中国传媒大学、南京医科大学、南京工程学院、江苏经贸学院、南京交通技术学院、江苏海事学院、南京晓庄学院、金陵科技学院。
南京航空航天大学简称南航，是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学，是国家世界一流学科建设高校，国家211工程、985工程优势学科创新平台重点建设高校。学校前身是1952年10月创建的南京航空工业专科学校，是中华人民共和国创办的第一批航空高等院校之一。
中国药科大学是中华人民共和国教育部直属的多科性重点大学，是国家世界一流学科建设高、国家211工程和985工程优势学科创新平台建设高校。中国药科大学始建于1936年，原名国立药学专科学校（本科四年制），是中国第一所由国家创办的药学高等学府。12000年，学校由国家药品监督管理局整体划转教育部管理。2001年，江苏省药科学校并入学校。