可通过以下两种方法进行入账：
1、企业取得不能抵扣的增值税专用发票，不抵扣，不认证，根据发票票面上的价税合计金额计入相应的成本或费用当中，在会计上视同取得普通发票处理，借方记入成本或费用，贷方记入银行存款或库存现金。缺点是形成滞留票，滞留票是税务机关风险管理的重点。
2、企业取得不能抵扣的增值税专用发票进行抵扣认证，在申报时进行进项税额转出。缺点是操作较为麻烦。会计上借方记相关成本费用、应交税费，贷方记入银行存款；同时借方记同样的成本费用，贷方记应交税费，进项税额转出。
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