「PhiBrain神之谜」的故事发生于“私立√学园”，由井藤野乃叶创立的解谜部是以参加「全国高中生解谜选手赛」为目标而成立的，而作为解谜部的王牌大门界人，除了是野乃叶的青梅竹马外，本身也因为头脑出众、运动神经超群以及爽朗的性格而受到女生喜爱。另外，在解谜部里还有经常被女孩子说「脸很恐怖」的逆之上住门、经常被女孩子说「脚好短」的丘比克・G、和经常被女孩子说「目光变态很恶心」的轴川总司成员。而十分喜欢谜题的界人却给谜之智慧集团「POG」看中，并有意诱导他与野乃叶前去学校附近的地下遗迹，使他们去挑战由「POG」制作的、可能会导致性命危险的“贤者之谜”。于是一场斗智斗力的华丽学园解谜动画将由日升为大家在今秋呈献。
「PhiBrain神之谜」的第一支PV在官网已经公开，从PV里看的人设并不是太能讨好，但其追加的声优阵容却是十分秀色可餐，解谜部的成员先有人气高涨的福山润、平时多演腹黑与邪魅角色但今次扮演弱气系的宫田幸季，以及变声王石田彰分别扮演逆之上、丘比克及总司三位同学。但这还不止，作为拥有天才头脑的搜查一课的警视卢克也将由樱井孝宏扮演，而「POG」的相关角色也由宫野真守、藤原启治及雪野五月，为这个原创解谜动画添加不少魅力。
大门界人（CV：浅沼晋太郎）【称号：爱因斯坦】介绍：主人公，英国留学归国（毕业于号称专门培养天才的cross-field学院），现就读于私立√学园高等部1年级。挑战并解开了一个「贤者の谜」，于是缔结下「俄尔普斯（orpheus）之约」（非自愿），左臂带着的俄尔普斯之臂环就是解谜缔结契约的后得到的「财」。擅长解谜题，有很好的感知力和洞察力。父母双亡，养父为√学园的校长。现与井藤野乃叶等人一同解由POG（制造出「贤者の谜」并对其进行管理的智力集团）出题人设下关于「财」的「贤者の谜」，POG的最终目的是寻找有能力解开「神之谜题」的人。井藤野乃叶（CV：清水香里）【称号：南丁格尔】身高：160体重：42三围：82、56、82介绍：界人的青梅竹马。私立√学园高等部1年级。体育全能的活泼少女，有超乎常人的瞬间记忆力。小时候做手工饼干安慰界人，可由于味道实在是…于是导致长大后的界人一听到“野乃叶的点心”就阴影。跟随着界人一同挑战POG的谜题。逆之上住门（CV：福山润）【称号：伽利略】介绍：在界人之前就获得了称号并享有特权的私立√学园高等部1年级学生，头脑很好，擅长解谜题，认为自己好的头脑就以为的金钱，喜欢野乃叶，跟界人的感情……其实很要好，大胃王，在跟界人的吃饭大战中获胜居多。和界人、野乃叶一同挑战POG的谜题。丘比克・G(CV：宫田幸季)【称号：爱迪生】介绍：私立√学园初等部2年级学生。擅长数学和发明的天才少年，正太样却是个有着恶趣味的腹黑少年。认为天才是要为了帮助人类而运用头脑，所以一开始对解谜题非常不屑，并想要拉拢界人参与他的研究，后来经过了公园谜题之后认同了界人，并对界人产生兴趣开始研究。因为爱迪生的称号和界人等人享有餐厅天台免费用餐等校园特权。安娜・革兰（CV：雪野五月）【称号：达芬奇】介绍：私立√学园在校期间就一直蹲在美术教室不出来的神秘古怪学生。美术控，有对达芬奇的爱称“列奥列奥”，说话偶尔喜欢叠字，善于和动物沟通，有些天然呆的萌“妹子”（其实安娜酱是纯爷们）。因为达芬奇的称号和界人等人享有餐厅天台免费用餐等校园特权。轴川总司（CV：石田彰）【称号：牛顿】介绍：私立√学园学生会会长&谜题部部长。类似学园长秘书的存在感，表面温柔实际腹黑男一枚。解道巴伦（CV：藤原启治）介绍：私立√学园的学园长，大门界人的养父。算是界人等人的团队的幕后BOSS，指挥着对POG谜题挑战的方向。卢克・盘城・克罗斯费德（CV：樱井孝宏）介绍：POG日本部干部，10代POG总负责人，有才能头脑好的少年。小时候和界人是好朋友，不明原因分开。毕晓普（CV：宫野真守）介绍：POG卢克身边的工作人员，职务类似于助理秘书，十分尊敬卢克，几乎是言听计从。还负责「贤者の谜题」的放送。
话数日文标题中文标题脚本（剧本）分镜演出作画监督第1话オルべウス·オーダー俄耳甫斯命令关岛真赖小野胜巳佐佐木洋平
伊藤祐次第2话心の闇心中的黑暗樋口达人高柳哲司曾我准山本航
富山大辅第3话ぺろりんぽろりんのワナ皮洛波洛的陷阱野村祐一高本宣弘三好正人松井章第4话骑士たちの夜骑士们的夜晚根元岁三高柳哲司阿宫正和荒尾英幸第5话迷えるガリレオ迷惑的伽利略小林英造青柳宏宜今冈大
外谷章第6话决闘はパズルの调べ决斗是猜谜的旋律樋口达人佐藤顺一高田淳田边谦司第7话约束约定根元岁三重田敦司青木あさ子第8话ほわわんをあげたい好想给予悠闲的心情野村祐一高柳哲司曾我准佐藤阳
山本航第9话笑颜の真実笑颜的真实关岛真赖小野胜巳伊藤裕次
松浦里美第10话パズルタイムが始まらない！解谜时间未开始！小林英造佐藤顺一佐藤和磨绪方美枝子
冈田由起子第11话ノノハだって解きたい！野乃叶也要猜谜！根元岁三高柳哲司牧野吉高松井章第12话ミノタウロスの诱惑米陶洛斯的诱惑樋口达人松井仁之阿宫正和荒尾英幸
杉光登第13话禁断の果実禁断的果实樋口达人青柳宏宜今冈大
外谷章第14话帰ってきた悪魔归来的恶魔根元岁三远藤広隆曽我准たかぎじゅん
山本航第15话つぐない偿还小林英造重田敦司佐佐木洋平
伊藤裕次
中岛利洋第16话憎しみの欠片憎恨的碎片关岛真赖高本宣弘川西泰二服部一郎第17话ピノクルの覚悟Pinochle的觉悟根元岁三小野胜巳松井章
中村千秋第18话その男、ヘルベルトにつき那个男人，关于贝鲁贝尔特野村祐一佐藤顺一安藤健荒尾英幸
山崎淳
谷友子第19话覚醒觉醒樋口达人远藤广隆牧野吉高今冈大
外谷章第20话愚者のパズル再び愚者的猜谜再次登场根元岁三松井仁之林明伟石井ゆみこ
岩田芳美
池田早香
岩田幸大第21话悲しき道化师悲伤的道化师关岛真赖青柳宏宜伊藤裕次
外谷章
佐佐木洋平第22话盘上の支配者盘上的支配者小林英造重田敦司松井章
中村千秋
伊藤裕次
中岛利洋第23话神の误算神的误算樋口达人小野胜巳江岛泰男服部一郎绪方美枝子石井かおり第24话闭じた世界封闭的世界关岛真赖佐藤顺一安藤健荒尾英幸山崎淳第25话无限のパズルを解き放て解放无限的谜题根元岁三远藤广隆远藤广隆牧野吉高佐佐木洋平伊藤裕次今冈大中村千秋重田敦司
キミの脳内（のうない）へと侵入（しんにゅう）
眠（ねむ）っている隙（すき）に
Babyopenthegate
复杂（ふくざつ）すぎセキュリティ
隐（かく）されると暴走（ぼうそう）たくなる
ラバラに散（ち）らばっている
パスワードを拾（ひろ）い集（あつ）め
核心（かくしん）に追（お）って行（い）く
その正体（しょうたい）を见（み）せて
简単（かんたん）にクリア出来（でき）ない
先（さき）なんてもっと読（よ）めない
解読（かいどく）不可能（ふかのう）スマイル危険（きけんあ）なパズル
ロックされたドアあるなら
ずっと叩（たた）いてみるべき风穴（かざあな）开く（ひら）わ
永远（えいえん）にほどけない
なんかはない
卷（ま）き起（お）こすIt'sasupernoval
とびきり刺激（しげき）的（てき）な
ひらめきをあげましょう
Misskey-MisskeyLa-Tu-Ma
梦（ゆめ）の中（なか）It'sasupernoval
私（わたし）はそうBrainDiver
きミが探し（さがし）求（もと）めてる答（こた）えになれるまで
BrainDiver
本作的舞台是私立学院学员高等部，主人公是对谜题十分着迷并自信逢谜必破的高一学生大门。有一天，他受到学生会长邀请，同青梅竹马少女野叶一起前往学校附近的遗迹解“不能解开之谜”，原来这是一个由神秘智能集团制造出的能危机人类生命的“贤者之谜”。可是热爱解谜的大门硬要作出挑战，在得到某件“物件”之后，大门即被点名成为所谓的“解答者”。从此，他就与野叶和其他充满个性的解答者一起挑战潜藏于世界各地的“贤者之谜”。
话数日文标题中文标题脚本（剧本）分镜演出作画监督第一期（第1季）第1话迷宫にひそむ契约迷宫的隐藏契约关岛真赖佐藤顺一远藤广隆佐佐木洋平第2话贤者の报酬贤者的报酬樋口达人远藤广隆京极尚彦安彦英二第3话天才少年の忧郁天才少年的忧郁加藤阳一今泉贤一久保太郎绪方美枝子第4话密室の少女密室的少女野村祐一大原実松村玲松田芳明第5话悪梦からの招待状来自恶梦的邀请函樋口达人重田敦司第6话光への复活朝向光芒的复活小林英造京极尚彦松井章第7话ノノハの称号野乃叶的称号关岛真赖大原实松村玲松田芳明第8话カニ！温泉！パズル王！螃蟹！温泉！猜谜王野村祐一松井仁之阿宫正和佐佐木洋平伊藤裕次第9话落ちたリンゴと道の続き落下的苹果与道路的延续樋口达人松尾衡小俣真一绪方美枝子第10话女王の国へようこそ欢迎前来女王之国小林英造吉田光春芳川弥生第11话女王様の逆袭女王大人的逆袭根元岁三重田敦司第12话再会のパズルタイム再一次的猜谜时间松村玲松田芳明第13话决别の塔决别之塔关岛真赖京极尚彦安彦英二第14话友情の资格友情的资格野村祐一高柳哲司阿宫正和松井章第15话苍い太阳、绯い月蓝色太阳、深红色月亮小林英造小野胜巳佐佐木洋平伊藤裕次第16话断罪の迷宫断罪的迷宫樋口达人松尾衡高岛大辅绪方美枝子日向正树第17话真実真实根元岁三高本宣弘前园文夫松田芳明第18话光への反逆朝向光芒的反叛关岛真赖重田敦司第19话里切りの证明背叛的证明野村祐一吉田光春芳川弥生中岛裕一第20话加速する挑戦者加速中的挑战者樋口达人松尾衡阿宫正和安彦英二第21话光る涙光的眼泪根元岁三小野胜巳青柳宏宜松井章第22话志を継ぐもの继承大志之人小林英造高本宣弘前园文夫松田芳明第23话残された选択肢剩下的选项根元岁三吉田光春阿宫正和佐佐木洋平伊藤裕次第24话永远の存在永远的存在关岛真赖高柳哲司齐藤德明绪方美枝子宫田奈保美第25话パズルタイムの始まりだ！猜谜时间的开始！樋口达人重田敦司重田敦司佐佐木洋平第二期（第2季）第1话オルべウス·オーダー俄耳甫斯命令关岛真赖小野胜巳佐佐木洋平伊藤祐次第2话心の闇心中的黑暗樋口达人高柳哲司曾我准山本航富山大辅第3话ぺろりんぽろりんのワナ皮洛波洛的陷阱野村祐一高本宣弘三好正人松井章第4话骑士たちの夜骑士们的夜晚根元岁三高柳哲司阿宫正和荒尾英幸第5话迷えるガリレオ迷惑的伽利略小林英造青柳宏宜今冈大外谷章第6话决闘はパズルの调べ决斗是猜谜的旋律樋口达人佐藤顺一高田淳田边谦司第7话约束约定根元岁三重田敦司青木あさ子第8话ほわわんをあげたい好想给予悠闲的心情野村祐一高柳哲司曾我准佐藤阳山本航第9话笑颜の真実笑颜的真实关岛真赖小野胜巳伊藤裕次松浦里美第10话パズルタイムが始まらない！解谜时间未开始！小林英造佐藤顺一佐藤和磨绪方美枝子冈田由起子第11话ノノハだって解きたい！野乃叶也要猜谜！根元岁三高柳哲司牧野吉高松井章第12话ミノタウロスの诱惑米陶洛斯的诱惑樋口达人松井仁之阿宫正和荒尾英幸杉光登第13话禁断の果実禁断的果实樋口达人青柳宏宜今冈大外谷章第14话帰ってきた悪魔归来的恶魔根元岁三远藤広隆曽我准たかぎじゅん山本航第15话つぐない偿还小林英造重田敦司佐佐木洋平伊藤裕次中岛利洋第16话憎しみの欠片憎恨的碎片关岛真赖高本宣弘川西泰二服部一郎第17话ピノクルの覚悟Pinochle的觉悟根元岁三小野胜巳松井章中村千秋第18话その男、ヘルベルトにつき那个男人，关于贝鲁贝尔特野村祐一佐藤顺一安藤健荒尾英幸山崎淳谷友子第19话覚醒觉醒樋口达人远藤广隆牧野吉高今冈大外谷章第20话愚者のパズル再び愚者的猜谜再次登场根元岁三松井仁之林明伟石井ゆみこ岩田芳美池田早香岩田幸大第21话悲しき道化师悲伤的道化师关岛真赖青柳宏宜伊藤裕次外谷章佐佐木洋平第22话盘上の支配者盘上的支配者小林英造重田敦司松井章中村千秋伊藤裕次中岛利洋。