考古系依托考古所办学，是目前国内考古学界方向最齐全的院系。考古研究所以田野考古为基础，利用考古学理论与方法，结合古代文献与前沿科学技术手段等，揭示史前及各历史时期不同类型文化遗存的内涵、特征、性质及其相互关系，进而对古代的政治、经济、文化、社会进行全方位的考古学研究，探讨古代社会发展演变的进程和规律，因此田野考古实习课是我系的特色课程，也是每位学生必修的课程之一。
考古系共有14个招生方向，分别是：中国新石器时代考古、夏商周考古、汉唐考古、边疆民族与宗教考古、古文字学、动物考古、植物考古、遥感考古、科学测年、冶金考古、人类体质学、文化遗产保护与管理、佛教考古、美术考古（此方向只招收留学生及港澳台学生）。