零余额账户是指财政部门为本部门和预算单位在商业银行开设的账户，用于财政直接支付和财政授权支付及清算。零余额账户是连接国库单一账户与商品或劳务供应商账户的纽带，代理国库单一账户对商品或劳务供应商的支付。
当符合预算规定的商品或劳务政府购买活动已经发生或完成，财政部门或其授权的预算单位向零余额账户发出支付指令，零余额账户在向商品或劳务供应商支付后，于日终前向国库单一账户申请清算，由国库单一账户将资金支付到零余额账户。
从财政集中支付的目的来看，零余额账户作为过渡性支付清算账户，其核心是零余额，即账户日终余额必须始终保持为零，以此保证国库单一账户对预算资金的集中管理，体现国库单一账户对支付的集中控制。正是由于这一性质，世界各国把这一账户称为零余额账户。