上交所和深交所的主要区别是股票代码不同、成立时间不同、地理位置不同。
上交所股票代码是6开头，而深交所股票代码可分为三种，分别是以300开头的是创业板，以000、001开头的是深圳主板，以002开头的是中小板；上交所是在1990年11月26日成立的，而深交所在1990年12月1日成立的；上交所位于上海市浦东新区杨高南路388号，而深交所位于深圳市福田区深南大道2012号。
深交所指的是深圳证券交易所，是经国务院批准所设立的全国性证券交易场所，是为证券集中交易提供了设施以及场所，组织以及监督证券交易，实行自律管理的法人，由中国证券监督管理委员会监督管理。上交所指的是上海证券交易所，成立于1990年11月26６日，并在同年的12月19日开业，受中国证监会管理以及监督，是为证券集中交易提供设施与场所、组织以及监督证券交易、实行自律管理的会员制法人。