支付宝将对个人用户超出免费额度的提现收取0.1%的服务费，个人用户每人累计享有2万元基础免费提现额度。微信的每位用户终身享受1000元免费提现额度，超出部分按银行费率收取手续费，目前费率均为0.1%，每笔最少收0.1元。
支付宝也可以在智能手机上使用，该手机客户端为支付宝钱包。支付宝钱包具备了电脑版支付宝的功能，也因为手机的特性，内含更多创新服务。此外，支付宝还可以通过添加服务来让支付宝钱包成为自己的个性化手机应用。
2016年2月15日，腾讯客服发布公告称，微信支付对转账功能停止收取手续费。同日起，对提现功能开始收取手续费。微信方面向新浪科技表示，对提现交易收费并不是微信支付追求营收之举，而是用于支付银行手续费。