真核细胞和原核细胞的区别在于组织、遗传以及生殖。原核细胞的体积比真核细胞的大，并且原核细胞细胞壁的成分是肽聚糖，真核细胞的细胞壁的主要成分是纤维素以及果胶。其共同点是都有细胞的基本结构，都具有核糖体、但真核细胞有其他细胞器、原核细胞仅有核糖体。
组织上的区别。原核细胞的体积比真核细胞的大，并且原核细胞细胞壁的成分是肽聚糖，真核细胞的细胞壁的主要成分是纤维素以及果胶。两种细胞在细胞器这一块也有区别，原核细胞只有一种细胞器：核糖体。真核细胞有多种细胞器：细胞质、细胞核、溶酶体、内质网、高尔基体等等。原核细胞的ＤＮＡ是裸露的并且没有染色体、没有染色质。真核细胞是有染色体以及染色质。
遗传以及生殖的区别。原核细胞的遗传不具备孟德尔的遗传规律，真核细胞的遗传主要遵循的是孟德尔遗传规律。并且原核细胞的变异主要来自于基因突变，真核细胞有基因突变、基因重组、染色体变异的三种方式。原核细胞不能进行有丝分裂和减数分裂、无丝分裂三种方式，真核细胞具备两种分裂方式。原核细胞的生殖方式是无性，依靠分裂进行生殖。真核细胞是有性生殖。
都具有类似的细胞质膜结构，都以DNA作为遗传物质，并使用相同的遗传密码。
具有相同的遗传信息转录和翻译机制，有类似的核糖体结构。
代谢机制相同，具有相同的化学能贮能机制，如ATP合成酶。
光合作用机制相同，膜蛋白的合成和插入机制相同。都是通过蛋白酶体降解蛋白质。