二者各有千秋，以下是两所学校各方面的比较分析。
1、学科数据比较；深圳大学目前有博士学位授权一级学科3个，博士后科研流动站3个，34个硕士学位授权一级学科。福州大学有博士后流动站11个，一级学科博士点9个、一级学科硕士点35个。两者的硕士学科数量差不多，但是深大的博士学科比起福州大学来说比较少。
2、学校实力比较；福州大学再是入选了211工程的重点大学，而深大不是，所以综合实力还是福州大学更厉害。
3、就业优势比较。深圳大学在深圳就业比较好，深圳大学地域比福州大学有优势。但是在非深圳的地区就业，深圳大学比福州大学有优势。
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