位于资本市场的层次不同。多层次资本市场，是适应实体经济不同层次的需求逐渐形成的一个市场体系，适应了不同投资人和融资人各自的特点，有不同的标准体系和服务方式，多层次资本市场本身就是风险的多层次管理，实现的方式是对制度的差异化安排。新三板与主板、中小板、创业板最大的区别是处在资本市场的不同层次，新三板代表整个资本市场的最底部。
挂牌前后运作成本不同。与主板、中小板及创业板相比，企业申请在新三板挂牌转让的费用要低得多。目前挂牌费用一般在100万—150万元左右，企业新三板市场挂版后在股转公司的运作成本每年不到3万元。挂牌条件及监管组织等方面不同。新三板在挂牌的条件、监管组织等方面与创业板、主板（包括中小板）都有很大的不同。