首先如果是在夏天比较热的时候，可以放进冰箱冷藏室里存放，不要冷冻，不然口感不好。其次如果是在冬天较冷的时候，把熟鸭蛋放在干燥通风的地方即可。注意不要放在太阳暴晒处，选择阴凉的地方最好。另外，腌制好的咸蛋，建议用袋子密封起来，不要让表面水分流失，否则难以长期保存。
对于用盐水腌制的咸蛋，煮熟前不宜长期浸泡在腌制罐里，把生咸蛋拿出煮熟并晾干后可以再放回到盐水里，既能保证熟咸蛋长时间放置不变质，也不会让鸭蛋越放越咸。